尽管也有部分研究分别认为在蛋白质的分解与合成、有氧酶和无氧代谢等方面机体也表现出超量恢复的情况，但截至目前为止，解释“超量恢复”最有力的证据仍然来自对动物和人体在负荷下肌糖原储备变化的实验结果，而在其它一些对运动能力也起有重要作用的指标或因素方面还没有足够的证据说明也存在“超量恢复”的现象。因此，很多学者认为不能轻易地将肌糖原代谢的研究结果扩展延伸到解释整个人体机能能力提高机制的程度。没有 给 出 人体能力的极限是超量恢复模型明显存在的一个问题。无论是运动员还普通人，其机能能力必然受到遗传因素的影响和制约，系统和科学的训练只能最大限度地挖掘人体的能力，使这种能力在数量上尽可能接近“极限”，在动员速度上尽可能快速，在使用上尽可能经济。在目前的认识和技术条件下，运动训练还不能够改变人体受遗传制约的形态和生理极限，在竞技能力上，受训练和无训练者、高水平与低水平运动员的区别主要在于对已经具备的机能储备的认识(选才)和挖掘(训练)的程度。如果按照“超量恢复”模型给出的“负荷一疲劳一增长”关系，假定负荷和实施负荷的时机都没有问题，运动员的机能能力可能出现无限制持续增长的趋势，这种错误的观点不仅不符合人体的生理规律，而且在一定程度上对运动训练实 践起了误导作用。
理论 认 识 的错误必然会在训练的实践中反映出来，“超量恢复”理论的缺憾直接影响到运动员的训练。长期以来，当一个运动员的运动成绩出现停滞时，在该理论的指导下教练员的首选措施是增加训练的负荷，试图通过负荷的增加得到更高的超量恢复，而很少甚至忽视其它的原因。当运动员已经进人高水平训练阶段，机能能力接近生理极限时，教练员仍然试图在负荷上有所突破，反复探试运动员的生理极限，造成过度训练和损伤。德国学者马德尔(Mader)和哈特曼(Hanmann)对德国2000多名赛艇运动员进行了15年的跟踪研究，其中44位研究对象成为奥运会、世锦赛和世界杯的世界冠军，他们发现，如果以18岁的能力水平作为基准线的话，44位世界冠军运动能力的提高速度随着年龄的增长而下降，在22岁左右运动能力达到最高水平，22岁之后运动能力维持在0.3一0.5%之间呈波浪式发展。从该研究成果可见，超量恢复只强调了方法学以及方法在训练上的运用，而没有充分考虑生理、生化的基础。
在该理论的误导下，人们简单地认为负荷量与超量恢复将一直呈正比例线性增长，无论给与运动员什么样的刺激都应该得到良性的应答。我国许多教练员甚至认为高水平运动员训练的主要特征集中体现在“大运动量”和“高强度”上，排斥甚至拒绝中、低量(强度)的训练内容，将训练质量简单地与“高负荷”挂钩，单纯以“疲劳”程度作为评价训练效果的指标和依据。然而，科学研究已经证明，人体对训练负荷的反应并不总是以机能能力的提高为结果，机体对刺激还会不产生反应或产生负面的反应。必须认识到，最大的训练负荷并不一定能够获得最大的超量恢复效应，最佳的训练效果肯定应该位于运动员可承受的负荷区域。运动训练是一个系统工程，大运动量和高强度必须建立在中、低负荷以及有效的恢复基础之上。从另一方面看，人体机能储备将随着年龄的增长而下降，这种机能储备的自然减少必然影响到运动员，尤其是成年高水平选手的训练。此时，运动损伤的机率随着能力储备的减少而增加，运动员在进人高水平训练阶段之后，为了避免损伤和过度训练的发生，训练的负荷量应该随着年龄的增长而逐渐下降，这种“下降”也许是维持高运动水平、延长运动寿命的必须措施。
训练 负荷刺激下运动能力的提高是一个复杂的过程，加之目前尚有许多与之有关的问题没有结论，例如机体“疲劳”的机制，运动后肌肉疼痛的原因等等，它们均可能影响到对训练效果机理的科学解释。尽管在“超量恢复”学说提出的时代还没有一个比之更完善的理论“模型”来解释机体在负荷条件下机能能力的提高这样一个复杂的过程，但必须认识到，作为一个重要的理论模型必须具备严格的科学性，而不能出现上述原则性的不足或失误。这些问题不仅造成理论上的混乱，而且也影响到训练实践的科学性。
